数字旗手

开篇说明 原生ImageJ仅支持JS脚本，而ImageJ的衍生版本Fiji支持Python脚本编程，所以这里的ImageJ实际是Fiji。 本文是对这个Tutorial的翻译。 Fiji官方的Jython指南在这里。 上手 有两种方式可以打开脚本编辑器： * 通过File-New-Script打开。 * 使用Command finder：具体就是按字母“l”，然后输入script，然后选择下面的script。 打开编辑器后，选择Language为Python。 你的第一个Fiji脚本 首先随便打开一个图片。 获取打开的图片 在编辑器中输入以下代码： 1 2 3 4 from

本章说明 这里详解Window和Help菜单的功能。 WIndow Show All 显示所有的窗口。 Put Behind 显示下一个窗口。 Cascade 将所有的图片都移动到屏幕的左上角，互相之间稍有偏移。 Tile 以“磁贴”的形式显示图片，尽量不互相覆盖。 Help ImageJ Website 打开ImageJ的官网。 ImageJ News 打开ImageJ官网的新闻频道。 Documentation 打开ImageJ官网的文档部分。 Installation 打开ImageJ官网的安装部分。 Mailing List 打开ImageJ的邮件列表。 Dev.

本章说明 这里详解Plugins菜单的功能。 Plugins菜单反映了ImageJ/plugins文件夹（至多两个子文件夹）的层级结构，因此可以创建子菜单（即子文件夹）来保持该菜单的简洁性，比如将EPS_Writer.class移动到ImageJ/Plugins/Input/PDF文件夹就可以实现将EPS Writer插件移入Plugins-Input-PDF子菜单下。 另外，勾选Edit-Options-Misc中的Move isolated plugins，就可以将仅有一个命令的插件移入Plugins-Miscellaneous菜单中。 Plugins Macros 该菜单包含了安装、运

本章说明 这里详解Analyze菜单的功能。 Analyze Measure 基于当前选择，在Results Table中计算和显示区域统计、线长、角度或者点坐标等信息。具体的测量操作可以在下方的Set Measurment对话框中进行指定。 Analyze Particles 在二值图片或阈值处理过的图片上，对对象进行计算和测量。它是通过扫描图片或选区直到找到对象的边缘，然后用魔棒工具将对象的轮廓画出来，使用上面的Measure命令计算测量。 * Size：给定一个面积范围，如果particle的尺寸面积在该范围之外，其将被忽略。如果标度过图片，则使用真实单位所形成的物理面积，否则使

本章说明 这里详解Process菜单的功能。 Process Smooth 对当前图片或选区进行模糊处理。该过滤器将每个像素值设为它的3*3邻居的平均值。 Sharpen 对当前图片或选区进行锐化，即增加对比度和强调细节，但有可能对噪点进行了加强。该滤波器使用下面的权重因子： Find Edges 使用Sobel边缘检测器来高粱像素值强度的剧烈变化。使用下面的两个3*3的卷积核来产生垂直和水平的梯度。最终的图片是计算两个梯度的平方的和的平方根得到： Find Maxima 计算当前图片的局部最大值，然后创建一个含最大值等形式的二值图片。对于RGB图片，挑选的是luminance的最大值

本章说明 这里详解Image菜单的功能。 Image Type 显示当前活动图像的类型（子菜单打钩的即是当前类型）以及将其转化成另一种类型。 * 8-bit：转化为8-bit灰度图。ImageJ将16-bit和32-bit的图像通过线性地将”min-max”缩放到”0-255”来转换成8-bit图像，其中min和max可以通过Image-Adjust-Brightness/Contrast来查看。注意，如果Edit-Options-Conversions中的If Scale When Converting 没有勾选，那么就不会缩放。 * 16-bit：转为unsigned 16-bit

本章说明 这里详解Edit菜单的功能。 Edit Undo 撤销上一步操作。 Cut 将当前选区中的内容复制到内部剪贴板，然后用当前背景色填充选区。 Copy 将当前选区中的内容复制到内部剪贴板，如果没有选区，则复制整个图片。 Copy to system 将当前选区中的内容复制到系统剪贴板。 Paste 将内部剪贴板的内容（如果为空，则是系统剪贴板）粘贴到当前图片。 Paste Control 粘贴以后，使用该菜单控制图片的粘贴方式。 Clear 将选区中的内容清除，换成当前的背景色。Backspace和Del是该操作的快捷键。 Clear Outside 将当前选区以外的区

本章说明 菜单栏列出了ImageJ的所有命令，它包含八个菜单： * File：基本的文件操作，包括打开、保存、创建新图片，大多数命令看名字就知道什么意思 * Edit：编辑和绘制操作，以及全局设定 * Image：图像显示，包括图像格式的转化、怎样显示等 * Process：图像处理，包括点操作、过滤器和算术运算 * Analyze：图像分析，统计测量、直方图绘制和其他与图像分析有关的操作 * Plugins：创建、编辑和管理插件，列出了用户安装的所有宏、脚本和插件。 * Window：已打开的窗口的选择和管理 * Help：升级，文档资源和版本信息 File菜单 New新

本章说明 ImageJ的用户界面非常简单，包含菜单栏、工具栏、状态栏和工具条。 下面就对这些栏目进行详析。 日志窗口 日志窗口用来显示关于一系列操作的有用信息，可以常用来显示插件和宏所传递的信息。 使用Edit-Options-Misc然后，然后勾选Debug mode，就可以显示该窗口。如果该窗口关闭了，那么ImageJ自动退出debug模式。 状态栏 当箭头放在图片上时，状态栏上会显示像素强度和坐标。 当运行filter后，也会显示事件和处理速率。 当点击状态栏时，Java的版本、已用内存、可用内存、已用内存百分比都将显示。除此以外，每次点击状态栏时，都会强迫Java垃圾回收器运行，这

本章说明 ImageJ的功能可以通过宏、插件和脚本三种形式进行扩展： * 宏：宏是最简单的执行一系列ImageJ命令的方式。ImageJ的宏语言是一种类Java的语言，包含了一系列的控制体、算子和内置函数，可以用来调用内置命令和其他宏。宏的代码存储在以.txt和.ijm为扩展名的文本文件中。 * 插件：比宏更强大、更灵活、也更快，但也更难写和调试。ImageJ的大多数的菜单命令其实是插件。插件是用Java语言编写，后缀是.java源文件，然后编译成.class文件。 * 脚本：ImageJ使用Mozilla Rhino解释器来运行JavaScripts脚本。类似于插件，脚本也对所有的I