本章说明
ImageJ的功能可以通过宏、插件和脚本三种形式进行扩展:
- 宏:宏是最简单的执行一系列ImageJ命令的方式。ImageJ的宏语言是一种类Java的语言,包含了一系列的控制体、算子和内置函数,可以用来调用内置命令和其他宏。宏的代码存储在以.txt和.ijm为扩展名的文本文件中。
- 插件:比宏更强大、更灵活、也更快,但也更难写和调试。ImageJ的大多数的菜单命令其实是插件。插件是用Java语言编写,后缀是.java源文件,然后编译成.class文件。
- 脚本:ImageJ使用Mozilla Rhino解释器来运行JavaScripts脚本。类似于插件,脚本也对所有的ImageJ API和Java API有访问权限,但是不需要编译。另一方面,脚本不如宏语言简单,与ImageJ的集成不那么紧密。Fiji也支持其他语言写成的脚本。
宏
宏是一个自动执行一系列ImageJ命令的简单程序。创建宏的最简单的方法是录制一系列的命令:Plugins-Macros-Record。
宏存成一个.txt或.ijm后缀的文本文件,然后通过Plugins-Macros加载。
关于宏编程的教程有:
- The ImageJ Macro Language
- The Built-in Macro Functions webpage
- Tutorials on the Fiji webpage
- How-tos and tutorials on the ImageJ Documentation Portal
脚本
原生ImageJ脚本是用JavaScript语言写成。
资源有:
- The ImageJ web site, with growing documentation
- Tutorials on the Fiji webpage
- Online scripts repository
Fiji则支持其他语言,比如BeanShell、Clojure、Python和Ruby。
资源有:
- Jython Scripting
- Jython Scripting Examples
- The extensive tutorial on scripting Fiji with Jython by Albert Cardona
- Dedicated tutorials on the Fiji webpage
插件
插件是用Java写成。
资源有:
- Developer Resources Page on the ImageJ website
- Dedicated tutorials on Fiji’s webpage
- Dedicated tutorials on the ImageJ Documentation Portal
- Dedicated tutorials on the ImageJDev webpage
命令行运行ImageJ
可以在命令行运行ImageJ,教程有: