胞状物体通用分割算法Cellpose解析:开发篇
概览
上一篇介绍了如何安装和使用Cellpose,相当于将Cellpose当做一个开箱即用的软件。实际上Cellpose还是一个开源的代码库,开发者可以深入研究它的算法,并进行调用、修改和完善等。
本文尝试对Cellpose的运行机理做一个研究,包括它的标注数据的格式、神经网络的架构、神经网络的输入和输出等。
标注数据格式
假设有这么一张要分割的图像,大小为10像素乘以10像素(选择这么小的像素矩阵以方便打印和查看数值),背底为黑色,图像中间有一个白色圆盘,即:
它的像素矩阵为:
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
array([[ 0., 0., 0.,