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简介 本文的目的是介绍霄龙新开发的用于cellpose后处理加速的算法。 前面已写了两篇文章介绍了cellpose,它是一个非常强大的用于胞状物体分割的算法,具体见: 胞状物体通用分割算法Cellpose解析:使用篇 胞状物体通用分割算法Cellpose解析:开发篇 总体而言,cellpose由两部分组成:第一部分是Unet网络,建立了原图与其流场图flow之间的关系;第二部分是将上一步流场图复原为掩膜mask,即转换为最终的分割结果。 第一部分主要是神经网络的训练和推理,可以跑在CPU或GPU上(当然GPU会更快);第二部分只能由CPU计算。两者的计算用时见cellpose作者的实测结果:
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概览 赛事描述 Kaggle上正在进行一项名为“HuBMAP: Hacking the Kidney”的竞赛,链接见这里,总奖金是6万美金,该竞赛的目的是为了检测人体组织中的functional tissue units (FTUs)。FTU的定义是:three-dimensional block of cells centered around a capillary, such that each cell in this block is within diffusion distance from any other cell in the same block,感觉类似于细胞的概念,
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本文是对极客时间app上王争老师的<数据结构与算法之美>的课堂笔记。 基础概念 算法与数据结构是编程的内功。 从广义上讲,数据结构就是指一组数据的存储和逻辑结构。算法就是操作数据的一组方法。 数据结构和算法是相辅相成的。数据结构是为算法服务的,算法要作用在特定的数据结构之上。 因此,我们无法孤立数据结构来讲算法,也无法孤立算法来讲数据结构。(比如,因为数组具有随机访问的特点,常用的二分查找算法需要用数组来存储数据。但如果我们选择链表这种数据结构,二分查找算法就无法工作了,因为链表并不支持随机访问。) 数据结构与算法中最重要的概念——复杂度分析:数据结构和算法解决的是如何更省、更
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sknw是一个从骨架图中创建图网络的库,代码在这里。 它不仅可以实现将单线转变成图graph的效果,而且里面的trace函数还可以实现像素追踪,将图像中的单线的坐标序列依次提取出来,从而将图像转变为矢量图。(sknw可以对闭合曲线进行坐标提取,对于闭合曲线,也可以使用find_contour来提取这些坐标序列) 输入图像 输入图像必须是一个二值的骨架图。 比如,这里的示例图像矩阵为: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 img = np.array([ [0,0,0,1,0,0,0,0,0], [0,0,0,1,0,0,0,1,0], [0,0,0,1,0
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Cellpose是一个对于胞状物体(比如细胞、晶粒、核、砖块等)进行分割的非常优秀的通用算法,其体现了深度学习在分割这类物体时的强大能力,同时其泛化效果也远超过传统图像处理算法,展现了数据驱动的深度学习所特有的“暴力美学”。 试用 Cellpose的源代码见这里。 同时开发者还搭建了网站来方便用户试用Cellpose: Cellpose快速体验网站:用户可以直接上传自己的图像来直接调用Cellpose,第一时间获得Cellpose的处理效果。 如果用户觉得好,那么可以接着往下深度体验或钻研Cellpose了。 安装 Cellpose的安装有多种方式: Google Colab在线运行 开
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概览 上一篇介绍了如何安装和使用Cellpose,相当于将Cellpose当做一个开箱即用的软件。实际上Cellpose还是一个开源的代码库,开发者可以深入研究它的算法,并进行调用、修改和完善等。 本文尝试对Cellpose的运行机理做一个研究,包括它的标注数据的格式、神经网络的架构、神经网络的输入和输出等。 标注数据格式 假设有这么一张要分割的图像,大小为10像素乘以10像素(选择这么小的像素矩阵以方便打印和查看数值),背底为黑色,图像中间有一个白色圆盘,即: 它的像素矩阵为: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 array([[ 0., 0., 0., 0
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简介 本文是对ZetCode上wxPython的摘抄学习,原系列文章见这里。 wxPython是一个开发桌面端图形界面的跨平台函数库,开发语言为Python,它是基于C++的函数库wxWidgets的封装。 wxpython有大量组件,它们可以从逻辑上(注意是逻辑上)这样划分: (1)基础组件 这些组件为其所派生的子组件提供基础功能,通常不直接使用。 (2)顶层组件 这些组件相互独立存在。 (3)容器 这些组件包含其他组件。 (4)动态组件 这些组件可以被用户所交互编辑。 (5)静态组件 这些组件用来展示信息,无法被用户所交互编辑。 (6)其他组件 这些组件包括状态栏、工具栏、菜
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原文在这里,中间增加了一些额外的内容辅助理解。 角点检测(Corner Detection)也称为特征点检测,是图像处理和计算机视觉中用来获取图像局部特征点的一类方法,广泛应用于运动检测、图像匹配、视频跟踪、三维建模以及目标识别等领域中。 局部特征 不同于HOG、LBP、Haar等基于区域(Region)的图像局部特征,Harris是基于角点的特征描述子,属于feature detector,主要用于图像特征点的匹配(match),在SIFT算法中就有用到此类角点特征;而HOG、LBP、Haar等则是通过提取图像的局部纹理特征(feature extraction),用于目标的检测和识别等
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%%%%%%%% 2021.2.14更新:增加了ICanvas绘制ROI的原理介绍。 %%%%%%%% 前面有两篇文章介绍了ImagePy/sciwx的Mark模式和几何矢量,这两个的结合就是图像处理中经典的ROI(Region Of Interest)操作,即选定一个范围(矩形、圆形、自由区域),然后对该区域进行进一步的操作。 这个过程说起来非常简单,但实际实现起来却是非常不容易,因为这里面涉及到了图像这一位图格式和几何这一矢量格式的统一。 这一篇文章就着重剖析一下ImagePy/sciwx是怎样实现的。 本文选定的入手案例是“绘制矩形ROI,然后裁剪”。 矩形ROI 首先看矩形ROI
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ImagePy经过一次大的重构后,软件架构有了很大改变,将前端UI和后端数据结构进行了解耦: * sciapp是一套数据接口,包含图像Image、网格Mesh、表格Table、几何矢量Shape等基础数据结构; * sciwx是符合sciapp接口标准的可视化组件库; * ImagePy是后端基于sciapp、前端基于sciwx的一个插件集,包含了大量常用的图像处理算法等。 因此可以很容易地基于分离后的sciapp和sciwx构建自定义的独立图像处理软件。 Sciapp版Hello World 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 import wx fr
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